А где скидки?

Скидки являются опциональными в системе, и для их включения необходимо в справочнике Организации для требуемой компании, включить флаг Скидки, если требуются скидки для покупателей, и флаг Скидки в поступлениях, при вводе документов где указаны скидки поставщиков.

Как изменить уже утвержденный заказ покупателя или внутренний заказ?

Для этой возможности у пользователя должно быть установлено соответствующее право, см. Настройки > Пользователи > Дополнительно > Имеет право изменять утвержденные заказы покупателей:

Как запретить продажи клиенту?

Для полного запрета продажи можно ввести документ Ограничение продаж.